Mark Webber comenzó su andadura en las cuatro ruedas con los karts. Con catorce años comenzó a competir a nivel nacional y logró varios títulos, pero en 1994 dio el salto a la Fórmula Ford, logrando el 14º puesto en el año de su debut.

El constructor de la Fórmula Ford se lo llevó a competir en la Fórmula Ford Británica. Fue segundo en el campeonato Británico de Fórmula Ford tras ganar cuatro carreras. Además fue tercero en el Campeonato Europeo de Fórmula Ford. En su primer año en Fórmula 3 logró cinco podios y terminó el Campeonato en cuarta posición.

En la temporada 1998 le contrató el equipo AMG Motorsport de Mercedes, llegando a participar en Las 24 horas de Le Mans.

En 2002 Minardi le fichó convirtiéndose en piloto oficial de Fórmula 1. Pasó al equipo Jaguar Racing de motor Cosworth en 2003. En el 2004, Williams BMW decidió ficharle para la temporada 2005. Comenzó muy bien la temporada, puntuando en cinco de las seis primeras carreras, pero el equipo se fue diluyendo, y la temporada de Webber. A mitad de temporada se anunció su fichaje para 2007 con Red Bull.

La consagración de Webber llegó en la temporada 2009, en la que acabó cuarto y sumó  ocho podios (incluidas dos victorias) y una pole. Contribuyó a los cuatro dobletes de Red Bull con una victoria y tres segundos puestos. Su mejor actuación llegó en Alemania, donde logró su primera pole y su primera victoria tras 130 carreras en activo. En las dos últimas carreras consiguió brillantes resultados, logrando la victoria en Brasil y el segundo puesto en Abu Dabi.

Fue confirmado como piloto de Red Bull para la temporada 2010 junto a su compañero Sebastian Vettel con quien obtuvo algunos triunfos, como la segunda posición en la pole en Malasia, España y Mónaco.

A pesar de estar a la sombra de Vettel, y del descontento conocido del piloto con la escudería, en 2011 afrontaría una nueva oportunidad para vencer, compartiendo nuevamente escuadra con Sebastian Vettel. Terminó tercero.

En 2011, pese a disponer del mejor coche de toda la parrilla, Mark Webber se quedó un año más sin concretar sus aspiraciones de título. Después de un final de 2010 decepcionante, las cosas no mejoraron para el australiano en la nueva campaña, acabando en tercera posición en el Mundial de Pilotos por detrás de Vettel y Button.

En 2012 el piloto de Red Bull se vio superado de nuevo por su compañero de equipo, Sebastian Vettel, quien si supo sacar el máximo rendimiento del RB8. Webber repitió otra vez que su rol no era la de escudero de Vettel. Aunque venció en Mónaco y Gran Bretaña, sus aspiraciones al título terminaron por desinflarse y acabó el año en sexta posición.