Para adoptar esta decisión, a instancias de la Fiscalía, el juez en su auto se basa en las declaraciones prestadas por 19 víctimas directas que permiten "corroborar la indiciaria veracidad" de los delitos denunciados, apoyadas en muchas ocasiones por "documentos de identidad de la época o fotografías de las lesiones sufridas como consecuencia de las torturas". Destaca Ruz "el hecho fundamental que supuso el hallazgo de una fosa común en febrero de 2013 en la zona de Amgala (Sahara Occidental) con 8 cadáveres que han sido plenamente identificados por el ADN, así como por la documentación que tenían entre sus prendas", a raíz de lo cual declararon las personas que presenciaron esos asesinatos, así como sus familiares.
Entre los testimonios recabados por el juez figuran relatos como el de Abba Ali Said Daf, que cuando era un niño presenció una matanza en el campamento de Samra entre el 12 y 13 de febrero de 1976, escondido bajo una manta en un camión. Ese día vio como soldados marroquíes mataban a dos hombres del campamento y después los enterraron "dejando al descubierto las manos y los pies de los cadáveres para que los animales acabaran con ellos". Los restos de estas personas y otras más fueron halladas en la citada fosa común hallada en 2013. Otro de los relatos se refiere a un ataque de la aviación marroquí al campamento de Um Dreiga con napalm y fósforo blanco que causó 39 muertes y dejó 75 heridos de gravedad. El auto también recoge testimonios de desapariciones y de torturas en el cuartel del Puesto de Mando de las Compañías Móviles de Intervención (PCCMI) en El Aaiún.
Asociaciones de apoyo al pueblo saharaui y pro derechos humanos denunciaron el 14 de septiembre de 2006 a 31 altos cargos, militares y policías marroquíes por la desaparición de 542 saharauis desde que España se retiró del territorio en 1975. Hace casi un año, el 15 de abril de 2012, a raíz de la reforma de la ley de justicia universal, Ruz, con el apoyo de la Fiscalía, rechazó archivar esta causa porque cuando ocurrieron los hechos denunciados en los años 70 y 80 el Sahara Occidental era territorio español. Siguiendo con el criterio de la Fiscalía, el juez consideró que era competente para investigar esta querella porque el Sahara Occidental era una provincia española en los años 70, así como que legalmente seguía estando administrada por España en los 80 y aún ahora.
Ruz, al igual que la Fiscalía, entiende también que la competencia "se extiende a los hechos posteriores a la fecha en la que el Sahara Occidental dejó de ser español, el 28 de febrero de 1976, ya que los mismos son plenamente conexos con los iniciales, que es la invasión por Marruecos de ese territorio en octubre de 1975 (con la llamada "Marcha Verde", y consecuencia de ello es el manteniendo de la jurisdicción" de España. Los procesados son: el coronel mayor de la Gendarmería Real en Agadir, Driss Sbai; el interventor del director de Policía Judicial, Brahim Ben Sami; el comisario Hariz El Arbi; el coronel Lamarti y el exgobernador de la Administración Territorial del Sahara Abdelhafid Ben Hachem. También están el excoronel Abdelhak Lemdaour; los exgobernadores del campo de refugiados de Smara Said Oussaou y Hassan Uychen, así como Muley Ahmed Albourkadi, Bel Laarabi y Abdelghani Loudghiri.
Para siete de estos once procesados -Ben Hachem, Abdelhak Lemdaour, Driss Sbai, Said Ouassou, Hassan Uychen, Brahim Bensami y Hariz El Arbi- el juez acuerda la busca y captura e ingreso en prisión a efectos de extradición "al no constar el paradero de los mismos". Además, respecto a Lamarti, Muley Ahmed, Bel Laarabi y Loudghiri, el juez pide a Marruecos que recabe y aporte los datos que faciliten su correcta "identificación y filiación".
En cuanto a otros ocho querellados -Housni Benslimane, Najib Ben Hima, Moustafa Hamdoui, Amini, Ayachi, Abdelaziz Allabouch, Sanhaji Hamid y Lehsan Chaf Yeudan- el juez acuerda no decretar por el momento su procesamiento ante la falta de pruebas, sin perjuicio de que posteriormente se pudiera ampliar también a ello el procesamiento "si aparecieran nuevas pruebas".
