La Policía cree que Método 3 podría manejar unos 500 informes de personas relevantes de la política y de la empresa. En veinte años de actividad, la agencia se ha visto inmersa en varios asuntos turbios, desde detenciones de sus agentes por pinchar teléfonos a investigaciones policiales por faltas graves. A pesar de haber sido sancionada en cuatro ocasiones, nunca se le retiró la licencia.
La historia negra de Método 3 se remonta a 1995. Aquel año la Policía detuvo a siete de sus agentes por pinchar teléfonos y hacer escuchas ilegales. Presuntamente, espiaban a políticos y empresarios a los que extorsionaban.
Entre los detenidos está Francisco Marco, actual director general. A pesar de ello, no se le retiró la licencia y la agencia siguió funcionando. Entre 2007 y 2009 la agencia fue contratada por el Gobierno tripartito de la Generalitat. Se dedicaba a hacer informes para distintas consejerías. De los tres localizados, uno de ellos era un estudio sobre la avellana, que costó 30.000 euros.
En 2009, cinco policías catalanes fueron condenados por tortura. La consejería de Interior le encargó entonces a Método 3 que hiciera un seguimiento de la testigo principal del caso, que fue grabada con cámara oculta.
Ese mismo año, la Fiscalía abrió una investigación a Método 3 por supuesto espionaje a cuatro directivos del F.C. Barcelona. Según el fiscal, los seguimientos los encarga el propio club que preside Joan Laporta.
En 2011, la Policía abrió una investigación a la agencia por faltas muy graves contra la ley de seguridad, pero el Ministerio del Interior archivó el caso.
