La sede del instituto es un edificio de varios siglos de antigüedad, de estilo herreriano y cuatro plantas. Destaca por su claustro central con un patio de 400 metros cuadrados y alrededor del cual se distribuyen las principales dependencias de la institución.
En la planta baja está el salón de actos, muy amplio y rematado por un gran escenario con telón que acoge las ceremonias de inauguración y clausura de curso, teatro y sala de conciertos, así como diversas reuniones.
A través de un doble tramo de escaleras de granito se puede acceder a la primera planta, donde se encuentra el despacho del director, presidido por el retrato del fundador y con mobiliario y decoración propios de la época.
En la segunda planta se encuentran las dos aulas, con sus pupitres de madera y varias láminas de anatomía y geografía. Además, el instituto cuenta con un pequeño laboratorio de estilo clásico.
En la buhardilla superior se localizan los dos dormitorios: el masculino y el femenino. En cada uno de ellos hay diez camas de hierro, originales de la época, así como mesillas y armarios de madera para poder guardar el uniforme y la ropa de deporte.
Fuera del edificio, el instituto cuenta con un complejo deportivo de más de cuatro hectáreas de extensión, con varios campos de fútbol y pistas de baloncesto y balonvolea, así como amplios espacios arbolados para el recreo de los internos.