En este periodo, en concreto entre el 7 de noviembre de 2006 y el 1 de marzo de 2007 el etarra mantuvo durante 115 días una huelga de hambre tras ser condenado a 12 años y medio por un delito de amenazas terroristas.
El trato era otorgarle la libertad condicional, previa rehabilitación en un hospital de Madrid "manteniendo la situación de libertad en secreto", y posteriormente, ser trasladado a "Euskal Herria en libertad". Según las actas, "se estableció con De Juana la forma de hacer esto por medio del hombre de la Iglesia".
En la siguiente reunión Gobierno-ETA celebrada en octubre -cuando la situación del etarra le había llevado a pasar por un quirófano, como consecuencia de las secuelas de la huelga- las actas recogen un bloqueo en las negociaciones por el robo de armas en Francia.
En la citada cita, el Gobierno recalca que se había apartado al fiscal del caso por haberse negado este a rebajar la condena del etarra de 12 a cuatro años. La banda terrorista, por su parte, recuerda que De Juana abandonó la huelga "por orden de ETA". "Si no queda libre, se actuará en consecuencia", advertía.
El Tribunal Supremo rebajó finalmente de 12 años y medio a tres la condena impuesta al etarra por amenazas en un artículo publicado en el diario 'Gara'. Por este motivo, De Juana abandonó la huelga el 1 de marzo de 2007 tras serle concedido el régimen de prisión atenuada.
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