La derecha siempre había vencido en tierras gallegas, pero en aquel momento gobierna un tripartito del PSOE con los nacionalistas Coalición Galega y Partido Nacionalista Galego. Con su candidatura, el PP logra en coalición con Centristas de Galicia la mayoría absoluta, que le permite acceder al gobierno de la Xunta.
Durante su largo mandato, Fraga defiende siempre la identidad cultural gallega dentro de España con la idea de la autoidentificación y un autonomismo avanzado.
Entre los logros de su gobierno, caben destacar los avances en electrificación y telefonía rural, el desarrollo de la viticultura y el saneamiento ganadero, la mejora de las carreteras interiores, la defensa de la conexión con la Meseta mediante autovías y el despegue espectacular del desarrollo turístico a mediados de los noventa. Durante este período, Galicia obtiene transferencias competenciales que la colocaron a un nivel de autogobierno equiparable al de Cataluña.
Sus opositores le acusan de fortalecer las redes de poder provincial en las que descansa el tradicional caciquismo gallego y de establecer un control de los medios de comunicación gallegos por la vía de convenios y subvenciones. Le hacen responsable de una política desarrollista escasamente planificada, con especial hincapié en la destrucción de valores paisajísticos gallegos (monocultivo de eucalipto, minicentrales eléctricas, parques eólicos, macroplantas de acuicultura y canteras en espacios de alto valor natural) y el de la contaminación de las rías.
En el espectro político, Fraga consigue granjearse el voto del galleguismo de centro-derecha, desplazando a los partidos tradicionales. Al aumentar al 5% el número de votos necesarios para conseguir representación, el nacionalismo de izquierdas se aglutina en torno al BNG, que llega a ser la segunda fuerza política en Galicia.
Un punto de inflexión en su mandato es el hundimiento del petrolero Prestige cerca de las costas gallegas a finales de 2002. Fraga es muy criticado por la inacción y división desatada en el seno su gobierno. A pesar de todo, la masiva protesta en las calles, encabezada por colectivos como Nunca Máis, no impide que, pocos meses después, el PP gane las elecciones municipales en la mayoría de las poblaciones costeras afectadas, aunque con retrocesos significativos en las ciudades más importantes.
Tres años más tarde, vuelve a ganar las elecciones por amplio margen respecto al segundo partido en número de votos pero pierde la mayoría absoluta. Así, la alianza de gobierno entre PSdeG y BNG impide que Fraga obtenga de nuevo la presidencia de la Xunta, y Emilio Pérez Touriño sucede a Fraga en el cargo, tras 15 años en el poder. Un año después, Alberto Núñez Feijoo es nombrado presidente del PP de Galicia y candidato a la presidencia de la Xunta.
